Microscópio eletrônico construído por Ernst Ruska em 1933
Em 1926, Hans Busch desenvolveu a lente eletromagnética.
De acordo com Dennis Gabor, o físico Leó Szilárd tentou, em 1928, convencê-lo a construir um microscópio eletrônico, para o qual havia depositado uma patente. O primeiro protótipo de microscópio eletrônico, capaz de ampliação de quatrocentos de potência, foi desenvolvido em 1931 pelo físico Ernst Ruska e pelo engenheiro eletricista Max Knoll. O aparelho foi a primeira demonstração prática dos princípios da microscopia eletrônica. Em maio do mesmo ano, Reinhold Rudenberg, diretor científico da Siemens-Schuckertwerke, obteve uma patente para um microscópio eletrônico. Em 1932, Ernst Lubcke da Siemens & Halske construiu e obteve imagens de um protótipo de microscópio eletrônico, aplicando os conceitos descritos na patente de Rudenberg.
No ano seguinte, 1933, Ruska construiu o primeiro microscópio eletrônico que excedeu a resolução atingível com um microscópio óptico (leve). Quatro anos depois, em 1937, a Siemens financiou o trabalho de Ernst Ruska e Bodo von Borries e empregou Helmut Ruska, irmão de Ernst, para desenvolver aplicações para o microscópio, especialmente com espécimes biológicos. Também em 1937, Manfred von Ardenne foi pioneiro no microscópio eletrônico de varredura. A Siemens produziu o primeiro microscópio eletrônico comercial em 1938. O primeiro microscópio eletrônico norte-americano foi construído em 1938, na Universidade de Toronto, por Eli Franklin Burton e os alunos Cecil Hall, James Hillier e Albert Prebus. A Siemens produziu um microscópio eletrônico de transmissão (TEM) em 1939. Embora os atuais microscópios eletrônicos de transmissão sejam capazes de ampliação de dois milhões de potências, como instrumentos científicos, eles permanecem baseados no protótipo de Ruska.