Preocupado que a Grã-Bretanha pudesse intervir em Portugal ou que os portugueses pudessem resistir, Napoleão decidiu acelerar o cronograma de invasão e instruiu Junot a se mudar para oeste de Alcántara ao longo do vale do Tejo até Portugal, uma distância de apenas 193 km. Em 19 de novembro de 1807, Junot partiu para Lisboa e a ocupou em 30 de novembro.
O príncipe regente John escapou, carregando sua família, cortesãos, papéis estatais e tesouros a bordo da frota. Ele foi acompanhado em fuga por muitos nobres, comerciantes e outros. Com 15 navios de guerra e mais de 20 transportes, a frota de refugiados ancorou em 29 de novembro e partiu para a colônia brasileira. O vôo tinha sido tão caótico que 14 carretas carregadas de tesouro foram deixadas para trás nas docas.
Como um dos primeiros atos de Junot, a propriedade dos que fugiram para o Brasil foi sequestrada e uma indenização de 100 milhões de francos foi imposta. O exército formou uma Legião Portuguesa e foi para o norte da Alemanha para cumprir o dever de guarnição. Junot fez o seu melhor para acalmar a situação, tentando manter suas tropas sob controle. Enquanto as autoridades civis portuguesas eram geralmente subservientes aos seus ocupantes, as pessoas comuns estavam com raiva, e os impostos severos causavam ressentimento amargo entre a população. Em janeiro de 1808, houve execuções de pessoas que resistiram às exações dos franceses. A situação era perigosa, mas precisaria de um gatilho de fora para transformar a inquietação em revolta.
A família real portuguesa escapa para o Brasil.
