Em 1578, durante a batalha de Alcácer-Quibir, no Norte de África, o rei D. Sebastião morreu sem deixar descendência direta. Foi sucedido no trono pelo seu tio-avô, o Cardeal D. Henrique, que morreu no início de 1580 também sem deixar descendência. Extinta a Casa de Avis, a coroa portuguesa foi herdada pelo parente mais próximo, que era o rei Filipe II de Espanha, da Casa de Habsburgo, que então reinava sobre a Monarquia Hispânica – uma entidade política que era composta pelo reino de Castela, com todos os seus territórios na América e no Norte de África, pelo reino de Aragão, com todas as suas possessões no Mediterrânio, pelo Franco Condado, os Países Baixos espanhóis, o ducado de Milão, e ainda os territórios no Pacífico, como as Filipinas.
A terceira dinastia portuguesa corresponde, portanto, ao período em que a coroa portuguesa integrou a Monarquia Hispânica, podendo manter a sua estrutura institucional independente, bem como a sua autonomia jurídica e económica. As condições que determinaram a integração de Portugal na Monarquia Hispânica foram discutidas e acordadas nas Cortes de Tomar, em 1581, das quais saiu um acordo que vigorou até 1640, quando um conjunto de nobres portugueses se rebelou e rompeu com a união de coroas que vigorava há sessenta anos.
Durante esta dinastia procurou-se agilizar a administração de dois vastos impérios, o Português e o Castelhano, criando um sistema de conselhos e juntas em que cada um se dedicava a um determinado assunto. Os temas relacionados com Portugal eram discutidos em Madrid no Conselho de Portugal, mas existiam outros conselhos que se dedicavam aos assuntos das Finanças, da Guerra, das Índias ou da Flandres. Ainda durante este período, alguns dos territórios conquistados pelos portugueses foram reconquistadas por outras entidades políticas europeias que procuravam expandir os seus impérios coloniais.
D. Filipe I
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