A Escola Anatômica, Cirúrgica e Médica do Rio de Janeiro foi criada pelo decreto de 2 de abril de 1808, que estabeleceu uma cadeira de anatomia no Hospital Real Militar da Corte do Rio de Janeiro, nomeando para lente Joaquim Rocha Mazarém.
A Escola Anatômica, Cirúrgica e Médica do Rio de Janeiro foi instalada no Hospital Real Militar, que funcionava no antigo Colégio dos Jesuítas, no morro do Castelo. O decreto de 21 de maio de 1808 criou a Botica Real Militar, anexa ao hospital, e, pelo decreto de 22 de maio de 1810, seu boticário ficava sujeito ao lente da cadeira de medicina clínica, teórica e prática da Escola Anatômica, Cirúrgica e Médica, o que procurava contornar o conflito de jurisdição e adequar o funcionamento deste órgão aos estatutos análogos da Universidade de Coimbra.
Hospital da Misericórdia, que abrigou a Escola Anatômica, Cirúrgica e Médica a partir de 1813, em aquarela de Thomas Ender (1793-1875)
