O rei D. Manuel I (1469-1521) decide erguer no local um mosteiro, tendo a obra sido entregue ao arquiteto Diogo Boitaca (c. 1460-1527). Começou-se por uma construção em madeira, substituída gradualmente pelo edifício definitivo em pedra, constando de uma igreja, claustro e demais dependências que serão ocupadas por monges da ordem de S. Jerónimo.